Kritika stavby
Plošina pro montáž izolace v tunelu

Stromovka je od roku 1988 chráněnou přírodní památkou. Občanská sdružení, ekologičtí aktivisté a Strana zelených projekt Městského okruhu v této části města kritizovali, protože podle nich přivede do centra města další tisíce automobilů a zhorší tak kvalitu života. Stavba nikdy neprošla expertním posouzením podle vlivu na životní prostředí.[28]

23. května 2008 upozornily Lidové noviny, že firma Metrostav postavila bez povolení v Letenských sadech komunikaci, která slouží k objíždění staveniště a nahrazuje tak ulici Milady Horákové.[29]

Podle informací portálu Aktuálně.cz vyplývá z dokumentů, které si pražský magistrát nechal vypracovat, že tunel Blanka v Praze mírně zhorší ovzduší. Magistrát přitom tvrdil opak.[30]

V květnu 2009 zrušil Městský soud v Praze stavební povolení na část inženýrských sítí stavby. V březnu 2010 Nejvyšší správní soud toto rozhodnutí potvrdil, stavební firma Metrostav ovšem tvrdila, že ji investor neinformoval, a část nepovolené stavby již realizovala. Soud rozhodnutí zdůvodnil tím, že úřady při povolování stavby neprovedly dostatečnou analýzu dopadů stavby na životní prostředí. Město tak bude muset provést nové stavební řízení, do kterého se pravděpodobně přihlásí občanské sdružení „Za naši budoucnost“, které je dlouhodobým kritikem stavby.[31][32]

V únoru 2010 získala Česká televize tajnou zprávu supervizora, ze které vyplývá, že stavba nemá dostatečný technický dozor.[33]

Oproti zpočátku očekávaným nákladům na výstavbu ve výši 21 mld. Kč má konečná cena dosáhnout výše cca 42,3 mld. Kč. V roce 2014, během kterého má být komplex zprovozněn, očekává magistrát roční provozní náklady komplexu ve výši 164 mil. Kč.[34]

V únoru 2015 se zjistilo, že kabely položené v tunelu, o dva roky dříve navlhly a nyní se musejí vyměnit. Pražská primátorka Adriana Krnáčová uvedla, že závadu způsobil „asi nějaký debil“. Později sdělila, že těch „debilů“ bylo nejspíš mnohem více a serveru Blesk.cz pak poslala při dotazu na svá ostrá slova obálku knihy „Spiknutí kokotů“ a v nadsázce ji označila za „příručku k orientaci v pražské politice“.